En 1.988 ocurrieron dos hechos importantes para el desarrollo de la Institución: el primero es la declaratoria como ”MONUMENTO NACIONAL”, mediante decreto No. 1631 de agosto 12 de 1.988 la presidencia de la república declaró la edificación de la Institución denominada también “Conjunto la Milagrosa” como Patrimonio Nacional; reconocimiento logrado gracias a importantes gestiones realizadas por los directivos del Colegio ante el Consejo Nacional de Monumentos, este es un hecho trascendente en la historia de la institución puesto que de allí se derivó la posibilidad de financiar la restauración del edificio con recursos de la Nación. El segundo suceso importante en esa época lo constituye el cambio de naturaleza de la razón social, después de múltiples gestiones la Comunidad Educativa de la época, logró que el Colegio cambie de naturaleza PRIVADA A OFICIAL, la Asamblea de Nariño mediante ordenanza No. 019 de noviembre 24 de 1.988, ordenó incluir este Plantel como Institución Educativa del Departamento.
A partir de 1.997 se inició otra etapa de desarrollo institucional, por determinación del Ministerio de Educación Nacional, como lo hizo en todo el País, la modalidad pedagógica quedó como responsabilidad exclusiva de las escuelas normales, por lo tanto el Colegio adoptó la modalidad de bachillerato académica en la jornada diurna y comercio con énfasis en sistemas en la jornada nocturna. A partir de este año se empezó a desarrollar un plan que contempla los programas de adecuación de infraestructura, dotación, y mejoramiento de los procesos administrativos y pedagógicos.
Dentro del programa de adecuación de infraestructura, en 1.999 se realizó el DISEÑO DE LA PLANTA FÍSICA con la proyección de todas las instalaciones que el Colegio requiere para los distintos servicios educativos, tales como: aulas, laboratorios, biblioteca, oficinas, salas de informática, escenarios para el deporte, etc.

Hasta la fecha con importantes recursos de la Nación se ha restaurado el edificio conservando su arquitectura colonial, la restauración comprende:
• El bloque (denominado la “L”) que consta de dieciséis (16) aulas donde actualmente funciona la secundaria.
• El bloque (la Cruz) que consta de cuatro (4) alas donde funcionan dos (2) salas de informática, laboratorios de física y química, la cafetería de secundaria, las oficinas de coordinaciones, enfermería, y el panóptico que complementa la unidad administrativa de la Institución.
• El bloque (la “T”) donde funciona el restaurante escolar, la cocina y la bodega de dicho restaurante.
• El bloque donde actualmente funciona la biblioteca y la sala de ayudas audiovisuales.
• Se construyeron unidades sanitarias modernas para primaria y secundaria, conservando las características arquitectónicas del edificio.
• En el año 2005 construyó un bloque nuevo con catorce (14) aulas para primaria, conservando la arquitectura de todo el conjunto histórico.
El mejoramiento de la planta física de la Institución tiene tres (3) propósitos fundamentales, el primero ampliar la cobertura educativa, el segundo terminar el conjunto arquitectónico como patrimonio nacional, y el tercero, el más importante, brindar mejores condiciones locativas para el desarrollo de los procesos pedagógicos y administrativos.
Con relación a la dotación de mobiliario, laboratorios, aulas de informática, biblioteca y demás ayudas requeridas para el aprendizaje, se ha avanzado significativamente en estos últimos años, sin embargo existen varias necesidades de materiales y elementos qué sin duda son el soporte para optimizar los procesos pedagógicos.
En estos últimos años se ha dado especial importancia a los procesos administrativos y pedagógicos con el propósito de mejorar los resultados académicos y de formación de los estudiantes, en este programa es importante destacar la pedagogía activa que desarrollan los profesores con la utilización de guías pedagógicas, materiales audiovisuales, uso de la tecnología como la Internet, etc; el proyecto de preparación de los estudiantes para las pruebas de Estado, el cual contempla entre otros componentes, exámenes institucionales periódicos aplicados a todos los grados de primaria y secundaria.